ייסודה של מינכן היה מעשה של אופורטוניזם מסחרי: ב־1158 בנה הנריך האריה, דוכס סקסוניה ובוואריה, גשר על האיזר ושרף את הגשר ואת תחנת המכס הקיימים של בישוף יריב במורד הנהר, בפרינג, וכך הסיט בכוח את סחר המלח הרווחי מרייכנהאל דרך היישוב החדש שלו — שתועד לראשונה באותה שנה בשם «Munichen», מהגרמנית העילית העתיקה «אצל הנזירים», על שם המנזר הבנדיקטיני שכבר עמד במקום. משפחת ויטלסבאך השתלטה על בוואריה ב־1180 ושלטה ממינכן במשך 738 שנים, רצף כמעט בלתי פוסק שהסתיים רק עם ביטול המלוכה ב־1918; הפריחה האחרונה שלה באה בימי לודוויג השני, «מלך האגדות», שהאובססיה שלו לאופרות של ריכרד וגנר ולאגדות מימי הביניים הולידה מ־1869 את טירת נוישוונשטיין — שנותרה בלתי גמורה במותו ב־1886, כשנמצא טבוע באגם שטרנברג ימים ספורים אחרי שהוכרז כבלתי כשיר למלוך, בנסיבות שעדיין שנויות במחלוקת עד היום.
המאה ה־20 העניקה למינכן ייחוד אפל יותר: המפלגה הנאצית נוסדה כאן ב־1919, ואדולף היטלר ביים ב־1923 את הפוטש הכושל במרתף הבירה בבירגרבראוקלר, תבוסה שהמשטר הפך לאחר מכן למיתוס כשעלה לשלטון וכינה את מינכן «בירת התנועה». העיר הצמיחה גם התנגדות משלה למשטר הזה — הוורד הלבן, קבוצה קטנה של סטודנטים מאוניברסיטת מינכן בהובלת סופי והאנס שול, הוצאו להורג ב־1943 על הפצת כרוזים נגד הנאצים, וכיום הם מונצחים באנדרטה בכיכר של האוניברסיטה עצמה. המסורות החגיגיות יותר של מינכן התבררו כעמידות יותר: האוקטוברפסט הראשון היה חגיגת חתונה מלכותית ב־1810 לנסיך הכתר לודוויג, שנערכה בשדות בשולי העיר שעדיין נקראים טרזינוויזה על שם כלתו, וההופבראוהאוס, שנוסד ב־1589 כמבשלת הבירה של החצר המלכותית, עדיין מוזג בירה לפי אותו חוק טוהר שבוואריה חוקקה ב־1516 — הרייניטסגבוט, מתקנות בטיחות המזון העתיקות ביותר שעדיין נשמרות בעולם.